孤独症儿童常有发育延迟，神经系统检查中发现一些原始反射持久不消失，多种神经系统软体征和脑电图异常，其中3/4患儿智能发育迟缓，1/4?患儿可发生癫l痫，其他如结节性硬化症、苯丙l酮尿症、脆性X?综合征、Rett?综合征伴发孤独症也较多见。对高功能孤独症成人的神经心理测试中发现许多功能障碍，孤独症，诸如技能运动、复杂的记忆和语言等，但记忆、简单的记忆和语言、视觉空间功能良好，从而证明孤独症有复杂信息处理的某些缺陷，多见于左侧大脑半球，很少见于右侧大脑半球。症状严重、脑功能低下的孤独症儿童呈现极重度的认知缺陷，其原因可能是两侧颞叶近中部位的病变。有研究报道个别患儿在学习语言之前，因持续性癫l痫而造成两侧海马硬化。
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